Desde el inicio la Fundación Azara tuvo entre sus objetivos organizar una biblioteca especializada en ciencias naturales y antropológicas, propósito que fue explícitamente expuesto en el segundo artículo de su estatuto.
La biblioteca se inició a partir de la donación de un primer núcleo de unos mil volúmenes que pertenecían a la biblioteca personal de su primer director, Adrián Giacchino. Dicho acervo bibliográfico pasó a ser patrimonio de la Fundación a partir de que ésta fue creada, aunque su incorporación se materializó en el mes de abril del año 2001. A esa primera incorporación se sumó más tarde una parte de la biblioteca del primer presidente de la entidad Julio Rafael Contreras (1933-2017), quedando la parte restante en la localidad de Pilar, Paraguay.
A partir del núcleo de volúmenes sobre el que se inició la biblioteca, la misma creció hasta su estado actual básicamente por tres vías: 1) compra (42%), 2) donación (55%), y 3) canje (3%). A las donaciones iniciales del primer núcleo de unos mil volúmenes y de una parte de la biblioteca del profesor Julio Rafael Contreras, le siguieron las donaciones de la biblioteca de la Red Informática Ecologista (RIE) gracias a la iniciativa de Amanda Bertolutti Flebus (concretada en el año 2002); la biblioteca personal del especialista en diatomeas José Carlos Martínez Macchiavello (1931-2007); una parte de la biblioteca personal (la correspondiente a separatas) del paleontólogo José F. Bonaparte (1928-2020) (concretada en el año 2008); una parte de la biblioteca personal (la correspondiente a separatas) del paleontólogo, zoólogo y biólogo evolutivo Osvaldo A. Reig (1929-1992) gracias a la iniciativa de la especialista en primates Marta Mudry (concretada en el año 2008); una parte de la biblioteca personal (la correspondiente a peces de agua dulce) del ictiólogo y especialista en mamíferos marinos Hugo P. Castello (concretada en el año 2011); una parte de la biblioteca personal del historiador de la ciencia y la tecnología Roberto Ferrari (concretada entre los años 2019 y 2023); la biblioteca personal del especialista en neurobiología Jorge M. Affanni (1932-2016) (concretada en el año 2019); la biblioteca de la especialista en filosofía de la ciencia Estella Santilli (concretada en el año 2021); la biblioteca personal del naturalista Mauricio A. E. Rumboll (1940-2021) (concretada en el año 2022); la biblioteca personal del naturalista Francisco J. Erize (1943-2021) (concretada en el año 2022); y la biblioteca personal del herpetólogo Oscar E. Donadío (concretada en el año 2022). También donaron valioso material de sus bibliotecas personales el paleontólogo Eduardo P. Tonni, el herpetólogo Jorge Williams, los biólogos marinos Ricardo Bastida y Guido Pastorino, los ictiólogos Hugo López, Alfredo Salibián y Víctor E. Cussac, la ecóloga Patricia Perelman, entre muchos otros.
En la actualidad la biblioteca de la Fundación Azara es una de las bibliotecas especializadas en ciencias naturales más importantes de la República Argentina, y si bien el mayor acervo bibliográfico corresponde a las ciencias naturales (geología, paleontología, botánica, zoología y ecología), la misma posee una importante colección de títulos sobre historia de las ciencias naturales y antropológicas, viajeros y expedicionarios, antropología biológica, arqueología y etnografía, en relación a nuestro país y la región. En la biblioteca se encuentran además todos los títulos editados o auspiciados por la Fundación Azara.
La institución editó en el año 2013 una separata sobre su biblioteca, sus publicaciones y su archivo. Aquí se puede acceder a la misma de forma libre y gratuita.
Al presente se está realizando la catalogación de toda la biblioteca a la par que se ha desarrollado un plan de adquisiciones para los próximos años con los siguientes objetivos.
Objetivo general
1) La dificultad de hallar ediciones nacionales que en muchos casos son de muy bajas tiradas y/o distribución muy restringida.
2) La dificultad de encontrar y de poder consultar las series abiertas y especialmente las cerradas de publicaciones periódicas especializadas que al presente no se digitalizaron.
3) Las muy escasas bibliotecas especializadas que en el país resguardan este tipo de material bibliográfico.
Objetivos específicos
Respecto de la hemeroteca, la misma posee series completas de prácticamente todas las publicaciones científicas periódicas de geología, paleontología, botánica, zoología, ecología, antropología biológica, arqueología y etnografía editadas por instituciones argentinas, como por ejemplo: Revista de la Asociación Geológica Argentina, Acta Geológica Lilloana, Ameghiniana, Physis, Holmbergia, Neotrópica, Revista de la Asociación de Ciencias Naturales del Litoral, Anales de Parques Nacionales, Revista del Jardín Zoológico de la Ciudad de Buenos Aires, Revista del Jardín Zoológico de La Plata, Historia Natural, Revista del Museo Argentino de Ciencias Naturales, Anales y Revista del Museo de La Plata, Darwiniana, Boletín de la Sociedad Argentina de Botánica, Lilloa, Multequina, Ecología Austral, Revista de la Sociedad Argentina de Entomología, Acta Zoológica Lilloana, Mastozoología Neotropical, Cuadernos de Herpetología, El Hornero, Nótulas Faunísticas, Nuestras Aves, Comechingonia, Intersecciones en Antropología, Relaciones de la Sociedad Argentina de Antropología, Revista Argentina de Antropología Biológica, Revista de Arqueología, Revista de Arqueología Americana, Revista de Arqueología Histórica Argentina y Latinoamericana, Runa, entre otras.
Además de publicaciones científicas especializadas la hemeroteca posee algunas colecciones de revistas locales de divulgación científica, como Ciencia Hoy, Museo, Revista Vida Silvestre, Naturaleza y Conservación, Educación en Ciencias, Ciencia e Investigación, entre otras.